Do najważniejszych chorób cebuli należą: mączniak rzekomy oraz choroby pochodzenia glebowego, zwłaszcza w okresie kiełkowania jak: głownia cebuli, biała zgnilizna choroby zgorzelowe oraz w dalszym okresie wzrostu cebuli: fuzaryjne gnicie cebuli od piętki, różowa zgnilizna korzeni cebuli i pora.

Poważne zagrożenie stanowią także: alternarioza, antraknoza, zgnilizna szyjki, choroby bakteryjne i niektóre choroby wirusowe jak żółta karłowatość cebuli, żółtaczka astra na cebuli.